Chunnin Shiken

Voltando para Konoha, Naruto, Sasuke e Sakura decidem fazer o Chuunin Shiken para tentarem se transformar em chuunins. Este exame reuni vários times fortes de todas as vilas ocultas.

Naruto consegue passar na prova da primeira fase sem responder uma única questão, apenas por aceitar continuar em frente, mesmo sabendo que ele pode perder tudo: a resposta do exame.

Na segunda fase, os times remanescentes vão para a floresta da morte onde deverão chegar ao meio do local com dois pergaminhos, sendo que cada time recebe apenas um. Nesta floresta, Sasuke, Sakura e Naruto encontram Orochimaru, o qual morde Sasuke e cria um selo amaldiçoado, que tem a capacidade de controlar o corpo no qual foi implantado quando o mesmo usar um excedente de chakra. Naruto, Sasuke e Sakura, com a ajuda de Kabuto Yakushi, conseguem passar da segunda fase.

Chegando aonde eles deveriam no dia certo eles entendem a terceira fase: um torneio. Porém como muitos genins passaram, seria necessária uma eliminatória naquele lugar, e quem ganhasse passaria. Naruto luta contra Kiba Inuzuka, de quem ganha. Na luta de Neji Hyuuga e Hinata Hyuuga, Neji, falando que não importa o quanto alguém tenta, essa pessoa sempre vai ser um perdedor, fazendo com que Hinata recue, Naruto fica nervoso, e incentiva Hinata (que sempre se espelhou no Naruto) a lutar. Ela perde, e Neji não se importa. Naruto jura que vai derrotá-lo. No final da eliminatória, Naruto descobre que a primeira luta é entre ele e Neji depois de um mês.

Nesse intervalo de um mês, Naruto reencotra Ebisu, que o ensina nas fontes termais o Mizu no Kinobiri, Ebisu vê uma pessoa espiando mulheres no banheiro feminino e tenta pará-lo, mas acaba sendo derrotado pelo Dai gama. Este ninja depois se revela para Naruto como sendo Jiraiya, um dos lendários Sannin, que fica impresionado por ele ter derrotado Ebisu só com um golpe. Naruto decide que Jiraya terá que treiná-lo pois deixou inconsciente seu treinador, e de tanto insistir Jiraya aceita. Jiraya fica surpreso ao ver que Naruto é o jinchuuriki da Kyuubi, e o ensina a usar o chakra dela, o ensinando também a invocar sapos, mas Naruto não conseguia de início invocar um sapo, apenas girinos e sapos pequenos. Ele vai melhorando aos poucos, mas com a proximidade da data limite, Jiraya decide usar o último recurso para liberar todo o chakra de Naruto para ele conseguir fazer a invocação do modo certo. Naruto, em uma situação de vida ou morte, aprende a usar o chakra da Kyuubi e invocar o Gama Bunta. No resto do mês ele aprende a controlar o chakra do seu Bijuu. Depois do treinamento Naruto está pronto para enfrentar Neji nas finais do Chuunin Shiken.